Decadencia del Imperio Incaico

La llegada a Perú de los españoles se produjo después de dos viajes previos sin éxito. Para su tercer viaje los socios Francisco Pizarro, Diego de Almagro y Hernando de Luque, un sacerdote, contaban con el permiso de la corona española en un tratado firmado por la emperatriz Isabel de Portugal. Este tratado, llamado la Capitulación de Toledo, fue firmado el 26 de junio de 1529 y le daba a Pizarro la autorización de conquistar las tierras que se llamarían Nueva Castilla, de evangelizar a los nativos y de contribuir a la corona de España con un quinto de todas las riquezas halladas y por hallar.

Fue en 1531 que la tripulación española llegó a las costas de Tumbes (el actual Perú) y desde ahí se internó en el territorio del Tahuantinsuyo, llegando hasta Cajamarca en 1532. Allí se encontraba el Inca Atahualpa, hijo de Huaina Cápac, que en esos momentos disputaba el trono con su hermano Huáscar que gobernaba desde el Cuzco.
Los españoles eran pocos en número, pero contaban con armas de fuego y caballos. Ellos organizaron una emboscada al Inca Atahualpa cuando se presentó en la plaza mayor de Cajamarca acompañado de su séquito. Se dice que el cura (con la ayuda de un indio que hacía de intérprete) pidió al Inca convertirse a la religión católica y someterse al rey de España. Ante los términos desconocidos para el Inca, tiró al suelo la Biblia, lo que sirvió de pretexto para el ataque sorpresa de los españoles. Atahualpa fue capturado y, para conseguir su libertad, le ofreció a Pizarro llenar un cuarto de oro hasta donde llegara la altura de su mano. El cuarto fue llenado, pero Atahualpa nunca consiguió su libertad. Los conquistadores lo asesinaron en 1533.

Desde Cajamarca los españoles se movieron hacia el Cuzco, centro del imperio incaico, conquistando los pueblos o consiguiendo el apoyo de los señores y los grupos que se encontraban descontentos con el sistema establecido por los incas. Esto hizo que la conquista del Tahuantinsuyo no fuera una tarea difícil para los españoles.
Entre 1534 y 1542 se creó la Gobernación de Nueva Castilla y Nueva Toledo y se fundó la ciudad de Lima (capital del nuevo territorio) con el nombre de Ciudad de los Reyes. En 1542, la región se convirtió en el Virreinato del Perú.

 En el mismo año, Francisco de Orellana descubrió el río Amazonas.
En 1545, se descubrieron las minas de plata de Potosí en lo que hoy es Bolivia.
La Universidad de San Marcos fue fundada el 12 de mayo de 1551 y empezó a funcionar en 1553, convirtiéndose así en la primera universidad de América del Sur.